电子往来台湾通行证为参照有关国际标准设计制作的卡式证件，内嵌非接触式集成电路芯片，前往台湾签注不再采取贴纸的方式，而是直接打印在证件背面，并可重复擦写。成人电子往来台湾通行证有效期延长为10年，对未满16周岁的仍签发5年有效通行证。根据《中华人民共和国出境入境管理法》有关规定，经国务院批准，申领电子往来台湾通行证应当按规定留存持证人指纹信息。留存指纹信息的持证人出入境时，可以按规定自助通关。
电子往来台湾通行证启用后，仍然有效的现行本式往来台湾通行证和贴纸签注可以继续使用，持有有效的本式通行证可以继续申办贴纸签注。
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